pubspec.yamlでadaptive_icon_backgroundとadaptive_icon_foregroundを設定していないとAndroidで真っ黒になる模様。
flutter_icons:
ios: true
android: true
image_path: "assets/images/logo.png" これを
flutter_icons:
ios: true
android: true
image_path: "assets/images/logo.png"
adaptive_icon_background: "#FFFFFF"
adaptive_icon_foreground: "assets/images/logo.png"のようにすると解決しました。